Cosmic rays and the magnetic field in the nearby starburst galaxy NGC 253

Abstract

Beim Ras-RasGAP-Komplex ist die Hydrolyse des Guanosintriphosphats stark beschleunigt im Vergleich zu Ras allein. Dies wird hauptsächlich durch den Argininfinger R789 verursacht, der direkt zur Triphosphatgruppe zeigt. QM/MM-Simulationen wurden durchgeführt, bei denen das Triphosphat quantenmechanisch mithilfe der DFT behandelt wurde, während der Proteinkomplex und die Wasserumgebung klassisch beschrieben wurden. Im Vergleich zu Ras sind beim Ras-RasGAP-Komplex die entscheidende Elektronenverschiebung, die Bindungsverlängerung und die Verdrillung hin zu einer ekliptischen gamma-beta-Orientierung wesentlich stärker ausgeprägt. Der Argininfinger interagiert durch Verdrängung von Wassermolekülen aus der Bindenische. Das resultierende verstärkte elektrische Feld katalysiert den Bindungsbruch. Eine hypothetische Protonierung des beta-Phosphats führt zum Bindungsbruch. Nach Abschluss der Hydrolyse sind die Schwingungen des Mono- und Diphosphats über Dipol-Dipol-Wechselwirkung gekoppelt.